Nacional, Cali, Tolima y Santa Fe, serán cabezas de serie, mientras que Medellín, Millonarios, Bucaramanga y Patriotas, completan los equipos que jugarán cuartos de final.
Los ocho (8) clubes clasificados a los Cuartos de Final de la Liga Águila II 2016, se dividirán en cuatro (4) llaves, las cuales se denominarán Llave A, Llave B, Llave C y Llave D. Los Cuartos de Final se jugarán en dos (2) partidos de ida y vuelta (local y visitante). Las llaves se conformarán teniendo en cuenta el puesto ocupado en la tabla de posiciones de la fase todos contra todos de la Liga Águila II 2016, para lo cual se sumarán los puntos obtenidos hasta ese momento.
Los clubes que ocupen la primera (1ª), segunda (2ª), tercera (3ª) y cuarta (4ª) posición, serán cabezas de serie y los clubes en la quinta (5ª), sexta (6ª), séptima (7ª) y octava (8ª) posición en la Tabla de posiciones de la fase Todos Contra Todos de la Liga Águila II 2016, se ubicarán en cualquiera de las llaves por sorteo.
No obstante lo anterior, en caso que a dos clubes de la misma plaza les corresponda iniciar esta fase en calidad de local o visitante simultáneamente, la Dimayor tendrá la facultad para programar los partidos en fechas distintas y de presentarse alguna dificultad en el préstamo del escenario deportivo, el club que esté mejor ubicado en la tabla de Reclasificación de la Liga Águila II iniciará la fase de cuartos de final en calidad de visitante; su compañero de plaza en calidad de local, y los demás clubes participantes en esta fase deberán acogerse a tal medida.
